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Covid-19, variants, efficacité des vaccins: séquençage

23 mai 2021, 19:45

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Covid-19, variants, efficacité des vaccins: séquençage

Mardi 18 mai, au Parlement. À une question du député Dr Farhad Aumeer le ministre de la Santé, Kailesh Jagutpal, avouait que les résultats des analyses ont finalement prouvé que les variants anglais et sud-africains étaient bel et bien présents à Maurice. Depuis, les interrogations sont nombreuses. Qu’en est-il ? Et la question : les vaccins sont-ils toujours efficaces contre ces variants ? Réponses.

Depuis mardi dernier, les questions sur le variant B 1.1.318 se bousculent. Ce virus, qui pour l’heure constitue la majeure partie des infections locales, présente plusieurs mutations, dont la E 484K, une des mutations du variant sud-africain B.1.351. Dès lors, des interrogations sur le vaccin AstraZeneca surgissent.

Sachant que l’Afrique du Sud a interrompu sa campagne de vaccination à l’apparition de ce variant, son efficacité ayant été mise en doute, qu’en est-il des Mauriciens qui ont reçu ce vaccin ? Sollicité, le Dr Zouberr Joomaye affirme qu’il n’y aura aucun changement dans la campagne de vaccination. «Le vaccin est utilisé dans plusieurs pays et il a eu l’aval de l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) pour une utilisation d’urgence et il a démontré ses preuves.»

E484K

Entre janvier et mai 2021, Maurice a reçu 362 400 doses d’AstraZeneca, ce qui a permis la vaccination de 181 200 personnes. La campagne s’est poursuivie en février, alors que l’Afrique du Sud a suspendu son utilisation car il n’était pas efficace contre le variant sud-africain B.1.351.

Ce variant comporte sept à huit mutations, dont le E484K, qui est aussi présent dans le variant qui circule à Maurice.

Toutes les études ont démontré que cette mutation est la plus «méchante» et provoque une résistance aux vaccins. La plus connue avait démontré que l’efficacité de ce vaccin contre le variant était de 10,4 %, donc négligeable. Mais l’affaire n’est pas si simple…

Les vaccins et la contamination

Depuis l’apparition des vaccins, l’accent est mis sur le fait qu’aucun n’offre une protection à 100 %, même si Pfizer et Moderna affichent une protection supérieure à 90 %. Lorsque les variants ont fait leur apparition, tous les vaccins ont vu leur taux d’efficacité réduit. Mais par la suite, d’autres papiers médicaux ont démontré que les deux vaccins mRNA ont quasiment la même efficacité contre certains variants.

Mais jusqu’à présent, toutes les données ont démontré que les vaccins protègent des formes graves de la maladie et de l’hospitalisation. D’ailleurs, même l’étude qui a démontré l’efficacité de 10 contre le variant sud-africain précise que l’AstraZeneca «did not show protection against mild-to-moderate Covid-19». Les personnes infectées après la vaccination ont donc des symptômes légers.

De plus, il y a le fait que l’effet d’une mutation ne peut pas être isolé. «Dans une autre configuration et avec d’autres mutations, la mutation peut ne pas avoir le même effet. Par exemple, il se peut que certaines mutations, qui ne sont pas présentes dans le variant sud-africain, annulent l’effet du E484K», explique la Dr Catherine Gaud, immunologue et conseillère au Prime Minister’s Office.

Quant au taux d’efficacité, elle rappelle qu’il ne s’agit que d’études en laboratoire et que les résultats observés après administration sont souvent meilleurs. «En laboratoire, nous avons uniquement les résultats sur les anticorps qui combattent le virus. Mais le corps humain a d’autres systèmes de défense. Par exemple, nos lymphocytes attaquent aussi les cellules infectées. Mais ça, on ne peut pas le mesurer en laboratoire.»

AstraZeneca, Part III

Que doivent faire ceux vaccinés à l’AstraZeneca, donc ? La réponse est simple : s’assurer d’avoir la seconde dose. «À un moment, il faut utiliser ce que l’on a. Tous les pays africains qui ont eu le variant B.1.351 n’ont pas pu se battre pour avoir de meilleurs vaccins. Une protection partielle est mieux que pas de protection du tout», avance Houriiyah Tegally, doctorante en bio-informatique.

Elle réitère que ces données concernent l’infection, mais que dans pratiquement 100 % des cas, le vaccin AstraZeneca protège des formes graves, même en ce qui concerne les variants.

Puis, cette semaine, l’université d’Oxford, qui a développé ce vaccin, a publié une étude sur une troisième dose d’AstraZeneca. Les résultats définitifs sont attendus, mais les chercheurs qui y ont travaillé affirment qu’avec ce booster, l’immunité sera assez forte pour «blow through almost any variant». D’ailleurs, cette étude a aussi démontré que les adénovirus peuvent être utilisés à plusieurs reprises sans que le corps ne réagisse négativement.

Les vaccinés contaminés : les paramètres

Les vaccins ne protègent pas toujours des infections, même s’ils présentent de nombreux avantages. À Maurice, lors de la seconde vague, plusieurs personnes vaccinées figurent parmi les contaminés. Deux cas au moins – un fonctionnaire et un médecin – ont été confirmés. Les deux ont reçu deux doses du vaccin.

Cependant, le ministère n’a pas confirmé s’il s’agissait de l’AstraZeneca, du Covaxin ou du Sinopharm. Toujours est-il que le taux de virus présent dans ces patients était très faible et aucun n’avait la forme grave.

De plus, lors du contact tracing, il a été noté que ces personnes n’ont presque pas infecté leur entourage, même dans des conditions d’extrême proximité. Selon les informations disponibles du contact tracing, le fonctionnaire a transmis le virus à son épouse, mais pas à d’autres personnes avec qui il a été en contact rapproché. Quant au médecin, il n’aura infecté personne.

Mais encore une fois, il faut attendre toutes les données avant de tirer des conclusions. Il faut désormais déterminer exactement combien de patients vaccinés ont été contaminés, quels vaccins ils ont reçu, quand ils ont été vaccinés et quand ils ont attrapé le virus et si le nombre de jours requis pour que la protection soit optimale a été dépassé ou pas.

Les autres vaccins

À Maurice, outre AstraZeneca, les vaccins utilisés sont le Covaxin et Sinopharm. Si l’efficacité limitée d’AstraZeneca sur la mutation E484K du variant sud-africain a été prouvée, l’Indian Council of Medical Research a affirmé que le Covaxin est efficace contre le variant brésilien B.1.128.2, qui comporte aussi la mutation E484K, mais le vaccin produit moins d’anticorps lorsqu’il est face au variant sud-africain, qui comporte la même mutation.

Le Covaxin ne figure pas sur la liste des vaccins approuvés par l’Union européenne et aucun dossier d’accréditation n’a été soumis à l’OMS pour l’heure.

Quant au Sinopharm, lors d’une présentation du vaccin à l’OMS en avril, il a été dit qu’une étude a démontré que l’effet est moindre contre le variant B.1.351. Encore une fois, on indique que dans tous les cas, que les vaccinés sont protégés des formes graves.

Pourcentage de la population contaminée dans l’océan indien (au 21 mai)

<p>Seychelles&nbsp;: 10 %<br />
	Mayotte : 7.4 %<br />
	Réunion : 2.4 %<br />
	Comores : 0.44 %*<br />
	Madagascar : 0.15 %*<br />
	Maurice : 0.1 %</p>

<p>*Les chiffres de ces deux pays sont fortement sous-rapportés.</p>